Wilayah pemeriksaan BPK RI Provinsi Maluku terdiri dari:
- Provinsi Maluku
- Kota Ambon
- Kabupaten Seram Bagian Barat
- Kabupaten Maluku Tengah
- Kabupaten Seram Bagian Timur
- Kabupaten Buru
- Kabupaten Buru Selatan
- Kabupaten Maluku Tenggara
- Kota Tual
- Kabupaten Maluku Tenggara Barat
- Kabupaten Maluku Barat Daya
- Kabupaten Kepulauan Aru