Dalam peraturan perundangan, semua institusi pemerintah diperiksa dalam setiap tahunnya. Pemerintah Kota Ambon diperiksa Oleh Inspektorat dan Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) sesuai Undang-Undang.
Seperti biasa dalam setiap audit BPK didampingi oleh Inspektorat selama masa pemeriksaan awal sampai dengan akhir. Sebagai bagian dari organisasi Pemerintah, kewajiban pelaksanaan kerja semuanya disampaikan ke kepala daerah. Semestinya hasil pendampingan oleh inspektorat disampaikan juga ke kepala daerah.