Pada awalnya entitas pemeriksaan di wilayah Provinsi Maluku merupakan wilayah pemeriksaan Perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) RI di Jayapura. Dengan dikeluarkannya Amandemen ke tiga UUD 1945 khususnya Pasal 23G ayat (1) yang menyatakan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan berkedudukan di ibukota negara, dan memiliki perwakilan di setiap provinsi, maka BPK RI menerbitkan Surat Keputusan BPK RI Nomor 23/SK/I-VIII.3/06/2006 tanggal 7 Juni 2006 tentang Perubahan Ke-enam atas Keputusan Badan Pemeriksa Keuangan Nomor 12/K/I-VIII.3/ 7/2004 tanggal 23 Juli 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan yang antara lain membentuk Perwakilan BPK RI di Ambon.
Pada tanggal 30 April 2007, Perwakilan BPK RI di Ambon diresmikan oleh Ketua BPK RI, Bapak Prof. Dr. Anwar Nasution, MPA dan merupakan Perwakilan BPK RI yang ke-19 di Indonesia. Berdasarkan Surat Keputusan BPK RI Nomor 23/SK/I-VIII.3/06/2006 tersebut, Perwakilan BPK RI di Ambon adalah unsur pelaksana dari sebagian tugas dan fungsi BPK di daerah dan bertanggung jawab kepada Anggota Badan melalui Tortama VI dengan tugas menyusun rencana dan program pemeriksaan, melaksanakan pemeriksaan dan supervisi, serta menyusun laporan hasil pemeriksaan atas pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara meliputi APBD dan BUMD, pelaksanaan APBN yang didekonsentrasikan dan ditugasperbantuankan kepada pemerintah daerah, termasuk seluruh pengelolaan dan tanggung jawab kekayaan daerah, dana non budgeter, dan masalah kerugian negara/daerah pada provinsi, kabupaten dan kota, serta yayasan dan badan usaha non BUMD di wilayah Provinsi Maluku.
Dengan mendasari UU No. 15 Tahun 2006 tentang Badan Pemeriksa Keuangan, sebagai pengganti UU No. 5 Tahun 1973, BPK menerbitkan Keputusan Badan Pemeriksa Keuangan RI Nomor 39/K/I-VIII.3/7/2007 tanggal 13 Juli 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI, yang antara lain menyebutkan bahwa Perwakilan BPK RI di Ambon adalah salah satu unsur pelaksana BPK, yang berada dibawah AKN VI dan bertanggungjawab kepada Anggota VI BPK melalui Auditor Utama Keuangan Negara VI, dengan tugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Pemerintah Provinsi Maluku, kota/kabupaten di Provinsi Maluku serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas tersebut diatas, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh AKN.
Sejak diresmikan, kantor Perwakilan BPK RI di Ambon menempati sebuah gedung eks kantor Dinas Perkebunan Provinsi Maluku yang berkedudukan di Jalan Ade Irma Suryani Nomor 8 Karang Panjang, Ambon dengan status pinjam pakai sesuai Berita Acara Pinjam Pakai Bangunan dan Inventaris Kantor nomor 09b/RO.KAP/XII/06 tanggal 20 Desember 2006 dan telah diperpanjang dengan Berita Acara Perpanjangan Masa Pinjam Pakai Bangunan dan Inventaris Kantor nomor 011 – 08 Tahun 2008.
Berdasarkan Surat Keputusan Ketua BPK RI Nomor 06/K/I-XIII.2/10/2008 tanggal 24 Oktober 2008 tentang Nama Kantor Perwakilan BPK RI nama Kantor Perwakilan BPK RI di Ambon berubah menjadi Badan Pemeriksa Keuangan RI Kantor Perwakilan Provinsi Maluku dan berdasarkan Surat Keputusan Ketua BPK No.01/K/I-XIII.2/1/2009 tanggal 13 Januari 2009 tentang Nama Perwakilan BPK RI kembali berubah menjadi BPK RI Perwakilan Provinsi Maluku yang berlaku hingga saat ini.
