Pengelolaan keuangan Pemerintah Kota (Pemkot) Ambon saat ini mulai mengalami perubahan dari tahun ke tahun, hal ini terbukti berdasarkan penilaian Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) Perwakilan Provinsi Maluku atas laporan keuangan tahun kemarin. Dimana Pemkot Ambon mendapatkan Opini Wajar Dengan Pengecualian (WDP).