Pemerintah Provinsi Maluku dinilai belum mandiri dalam membiayai belanjanya, dengan rasio Pendapatan Asli Daerah (PAD) terhadap pendapatan daerah selama lima tahun terakhir sebesar 7,7 %. Belanja cenderung mengalami kenaikan, namun rasio belanja modal terhadap belanja masih dibawah 30%.