Pemerintah Kota (Pemkot) Ambon masuk dalam zona predikat Wajar Dengan Pengeculian (WDP) bersama empat pemerintah daerah lainya, setelah Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) Perwakilan Provinsi Maluku melakukan Pemeriksaan Laporan Keuangan Pemerintah Daerah (LKPD) Tahun 2016. Lima Pemda yang mendapat predikat WDP selain Kota Ambon yakni Pemerintah Kota Tual, Kabupaten Seram Bagian Timur, Kabupaten Maluku Tenggara Barat dan Kabupaten Maluku Barat Daya.
