Provinsi Maluku dijatahi 497 Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) untuk tahun 2016, dengan nilai Rp8,3 triliun. Sementara PAGU anggaran ke daerah dan dana desa senilai Rp12,2 triliun. 497 DIPA tersebut terdiri dari: 31 DIPA Kantor Pusat dengan nilai Rp3,6 triliun, 343 DIPA Kantor Daerah Rp3,8 triliun, 54 DIPA Dekonsentrasi Rp297,7 milyar, 66 DIPA tugas pembantuan dengan nilai Rp587,5 milyar, dan 3 DIPA urusan bersama dengan nilai Rp19,8 milyar.
