Permasalahan mengenai penetapan harga tiket oleh manajemen Trigana Air akhirnya terkuak setelah Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) Perwakilan Provinsi Maluku melakukan audit di Kabupaten Kepulauan Aru beberapa waktu lalu. Berdasarkan hasil audit tersebut ditemukan kejanggalan pada tiket para anggota Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kepuluan Aru yang melakukan perjalanan dinas menggunakan jasa penerbangan maskapai Trigana Air dengan rute Dobo-Ambon pulang-pergi (PP).
