Sesuai Keputusan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 3/K/I-XIII.2/7/2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan, BPK Perwakilan Provinsi Maluku mempunyai tugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Pemerintah Provinsi Maluku, kota/kabupaten di Provinsi Maluku, BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang ditugaskan oleh AKN.
